生物实验过程中生物污染的预防也是生物实验室安全的重要组成部分。生物安全柜的作用是有效保护实验室人员和实验室环境的安全。主要分为I类、II类和III类，可以提供不同级别的保护，防止危险或传染性污染。对于所有类型的生物安全柜，空气在作为废气离开系统之前都需要经过HEPA过滤。
1、I级
生物安全柜旨在保护实验室人员和环境，而不是样品，因为负压装置用于将外部空气吸入工作区域。
2、虽然有多种防护等级的生物安全柜可供选择，但常用的生物安全柜仍然是II类A2型生物安全柜。II级生物安全柜主要分为四种亚型（A1、A2、B1和B2），并具有额外的保护样品的功能，因为空气供应在通过工作空间之前经过HEPA过滤器过滤。II型亚型根据柜内再循环空气的量来区分。
3、III级生物安全柜为生物安全四级封闭实验室的工作提供了更大的保护。III级生物安全柜本质上是一个密封的手套箱，只能通过去污灌篮或双开门箱进入。
实验过程中需要实时检查试管盖是否处于密封状态，因为在涡旋混合器、超声波清洗机、高速离心机等混合样品处理过程中会产生气溶胶或液滴。由于气溶胶的产生是实验室生物污染的重要来源，一些实验室还使用含有荧光素的假样本来检测气溶胶的产生路径，以评估其传播水平。生物安全柜在使用过程中如发生生物样本意外溢出，应立即使用消毒剂进行严格清洗。工作完成后，将受污染的材料放入生物危害容器或高压灭菌完成。移液管、试管架等可重复使用的实验室设备应立即消毒。
